Yksi karmivimmista paikoista johon injektiohaavoittuvuus voi osua on käyttöjärjestelmäkomennot. Seuraamus on lähes poikkeuksetta palvelimen täysi haltuunottaminen hyökkääjän toimesta. Näitä haavoittuvuuksia kuitenkin löytyy melkoisen usein kun sovellus käyttää esimerkiksi komentorivityökaluja kulissien takana.